Aby zapewnić najwyższe bezpieczeństwo zabiegów wykonywanych w Stomedzie przykładamy szczególną wagę do procesów sterylizacji i dezynfekcji. W gabinetach są zainstalowane nowoczesne przepływowe lampy bakteriobójcze, wirusobójcze i grzybobójcze.
Po każdej wizycie przy użyciu preparatów antyseptycznych przygotowywany jest fotel i unit dla kolejnego pacjenta.
W procesie dezynfekcji narzędzia są poddawane antyseptyce w specjalnych pojemnikach przy pomocy różnych, zależnie od rodzaju dezynfekowanych narzędzi preparatów dezynfekcyjnych. Następnie są myte według schematu wymaganego przez Stacje Sanitarno-Epidemiologiczną i pakowane w specjalne torebki foliowo-papierowe ze wskaźnikami potwierdzającymi przebieg procesu sterylizacji w autoklawach. Prowadzona jest elektroniczna dokumentacja z każdego procesu, a każdy pakiet jest opatrzony w datę sterylizacji i podpis osoby przeprowadzającej aseptykę. Pacjent jest proszony o obejrzenie zestawów przed zabiegiem i podpisanie oświadczenia.
Co miesiąc wysyłane są specjalistyczne wskaźniki (sporal) do Pracowni Mikrobiologicznej w celu kontroli poprawności sterylizacji. Każde narzędzie, mikrosilnik, kątnica, prostnica, wszystkie narzędzia są sterylizowane przed użyciem u następnego pacjenta.
Zabiegi chirurgiczne odbywają się przy zachowaniu najwyższej aseptyki.